Júlio César foi revelado nas divisões da base do Flamengo (campeão brasileiro atualmente de 2009) ,iniciou sua carreira profissonal em 1997 , como reserva de Clemer (ex-goleiro do Flamego). Porém, aos poucos, foi ganhando a confiança dos rubros-negros ,e logo se tornando titular absoluto(2000).
Júlio César se tornou ídolos dos rubros-negros pela raça , amor à camisa ,e talento excepcional debaixo das traves .
Júlio César conquistou dois campeonatos cariocas e uma copa dos campeões como titular com a camisa do Flamengo,além de dois estaduais e uma copa Mercosul como reserva.
Convocado para disputar a Copa América de 2004, atuou como o goleiro titular daquela Seleção Brasileira, que retornou do Peru com o título. Na Copa América , fez ótimas defesas, e ainda pegou um pênalti na decisão contra a Argentina.
Então, veio o reconhecimento internacional e, em 2005, foi jogar na Itália. No primeiro semestre esteve Chievo Verona e, a apartir de julho, passou a jogar na Inter de Milão.
Em sua primeira Temporada na Inter, Júlio César foi reserva de Toldo. Entretanto, na temporada seguinte, Júlio César ganhou um voto de confiança do Técnico Roberto Mancini e passou a ser goleiro Titular, deixando o idolatrado Toldo no banco.
Foi convocado para as eliminatórias da Copa do Mundo FIFA de 2006 e, posteriormente, acabou sendo relacionado como o terceiro goleiro da seleção brasileira que disputou a Copa do Mundo FIFA de 2006.